4. 일본(日本)의 침략(侵略)과 9월 재봉기(再峰起)   한편 이에 앞서 조정에서는 동학군 진압을 위해 4월 30일 청국에 지원을 요청함으로써 5월 2일과 5일에 청군이 인천과 아산만에 도착하였는데 5월 6일에는 불청객 일본군도 천진조약(1885)을 구실로 하여 인천에 상륙하였다. 이에 조정에서는 일본공사에게 이를 항의함과 동시에 철군을 요구하였으나 이들은 이를 거부하고 5월 9일과 12일에도 계속 파견하더니 급기야는 내정개혁을 요구(5. 23)하고 나섰다. 그리고 그들은 조선내에 내란이 자주 일어나는 것은 내정이 부패한 탓이라고 6월 1일에는 소위 내정개혁방안 요령이라는 5개 조목을 제시했다. 이에 조정에서는 개혁은 스스로 진행할 것임을 통고(6.14)하고 일군의 철수를 계속 요구하였으나 그들은 이에 불응하고 6월 21일부터는 궁성을 포위하여 고종을 협박하기 시작하더니 6월 23일에는 청일전쟁을 일으키고 7월 20일에는 끝내 갑오경장의 윤음을 반포케 하였다. 이와 같이 일본은 우리정부의 내정을 간섭하면서 친일 정권을 조성하여 국권을 침략함으로 전봉준은 그들의 구호였던 ‘척양척왜’ 중에서 척양을 지양하고 척왜인 ‘왜적토벌(倭賊討伐)’과 ‘항일구국(抗日救國)’을 부르짖으며 9월 2일에 다시 봉기하니 이것이 9월 기포이다.   그간 개화를 명목으로 자주와 독립으로 유인하던 일제가 하루아침에 대군을 휘몰아 이 나라 왕궁을 점거하고 주권을 침해하며 국제 전쟁을 야기하면서까지 개혁이라는 미명을 내세워 정치, 경제, 사회의 모든 면에 파괴와 침략을 자행하게 되니 동학 기포의 대의였던 제폭구민(除暴救民)을 위해서도 당면 최대의 적이 그 무엇인가를 알 수 있었다. 그들의 역량과 시야에서 볼 때 양반계급이나 척족세도의 부패불의와 허장성세 쯤은 이미 간파해 본 터인지라 그에 대처하여 새로 등장한 외적일체의 탐학과 침략행위는 그들 자체를 위해서나 우리의 국가 민족을 위해서나 중대 문제임을 깨닫게 된 것이다. 이로서 호남지방의 동학 대장들은 몰론이요, 호서일대의 동학수령들도 제2세 교주 최시형을 움직이고 그의 지령아래 남북접이 호응 합세하여 재기 북상을 기도 함으로써 처참한 항일 구국의 민족 전쟁을 전개하게 된 것이다. 당시의 소위 정부 요로와 양반 지배계급들은 목전의 안이만을 탐내어 일제의 무력 앞에 굴복추수하거나 기껏해서 내심으로 개탄하되 도피 관망하던 태도에 비하면 진실로 동학도와 그를 따르는 농민대중만은 부패정권의 학정에 항재하던 몇 배 이상의 용기와 각오를 가지고 대청국제국의 군대까지 무찌른 일본군을 상대로 민족국가의 주권을 수호하기 위하여 최대한의 항쟁 태세를 갖추게 되었다. 이는 전봉준이 남원의 김개남(金開南)ㆍ광주의 손화중(孫華中) 등과 함께 북상하여 공주에 이르렀을 때 충청도 각지의 동학군이 이에 모두 호응하여 그 수가 5, 6만 명이였던 것을 살피더라도 이는 입증된다고 할 것이다. 이와 같이 그들의 재기포 이유는 어디까지나 근대무기로 완전 무장한 왜적 앞에 그들 자신과 아울러 민족국가가 패망당할 위험을 통감하고 개개인의 생존을 위해서나 교단위의 명맥을 위해서나 민족국가의 주권을 위해서나 앉아 죽기만을 기다릴 수 없어 진실로 성패존망을 천운에 맡긴 다음 항일구국의 대의를 내세워 총궐기한 것임에 틀림이 없다. 따라서 그들이야말로 뒷날 구한말 때의 의병과 3ㆍ1운동에 연계된 근대 최초의 항일 독립군 이였다고 말할 수도 있을 것이다. 특히 여기에 주목할 것은 지금까지 대정부 항쟁에서 비폭력을 원칙으로 하여 유혈항쟁을 크게 경계 해 오던 교주 최시형이 종래의 주장을 변경하여 그의 직속인 북접산하에 천운소치(天運所致)라 하고 남접과 합세하여 무력항쟁을 감행하라고 지시한 것이다. 이는 그들의 상대가 이미 종래의 부패정권이나 양반계급을 떠나서 임진왜란의 숙원까지 상기시키는 제국주의 일본이며 그들의 무력침공이라는 것을 간파한 때문인 것이다. 다시 말하면 동학사상이 내포한 민족적 대의는 그들의 최후 결심을 촉구한 것이라 하겠다. 따라서 이러한 대의였기 때문에 영호남은 물론 경기, 강원, 황해도, 제주도까지 동학도 중심의 항일전쟁은 우후죽순처럼 봉기했던 것이다.